This is a read-only mirror of pymolwiki.org

Difference between revisions of "Retain order"

From PyMOL Wiki
Jump to navigation Jump to search
(New page: == Overview == set reflect controls the amount of light reflection and the effect directional light therefore has on shadows and the general lighting of the scene. == Syntax == <source ...)
 
Line 14: Line 14:
 
Original PDB:
 
Original PDB:
  
 +
<source>
 
ATOM      1  CH3 ACE A  1      33.160  24.100  12.400  1.00  0.00
 
ATOM      1  CH3 ACE A  1      33.160  24.100  12.400  1.00  0.00
 
ATOM      2 HH31 ACE A  1      32.860  24.830  11.650  1.00  0.00
 
ATOM      2 HH31 ACE A  1      32.860  24.830  11.650  1.00  0.00
Line 20: Line 21:
 
ATOM      5  C  ACE A  1      33.910  24.800  13.510  1.00  0.00
 
ATOM      5  C  ACE A  1      33.910  24.800  13.510  1.00  0.00
 
ATOM      6  O  ACE A  1      33.760  24.560  14.700  1.00  0.00
 
ATOM      6  O  ACE A  1      33.760  24.560  14.700  1.00  0.00
 +
</source>
  
 
Loaded and exported with retain_order set to 0
 
Loaded and exported with retain_order set to 0
 
+
<source>
 
ATOM      1  C  ACE A  1      33.910  24.800  13.510  1.00  0.00          C
 
ATOM      1  C  ACE A  1      33.910  24.800  13.510  1.00  0.00          C
 
ATOM      2  O  ACE A  1      33.760  24.560  14.700  1.00  0.00          O
 
ATOM      2  O  ACE A  1      33.760  24.560  14.700  1.00  0.00          O
Line 29: Line 31:
 
ATOM      5 HH32 ACE A  1      33.800  23.390  11.880  1.00  0.00          H
 
ATOM      5 HH32 ACE A  1      33.800  23.390  11.880  1.00  0.00          H
 
ATOM      6 HH33 ACE A  1      32.250  23.650  12.770  1.00  0.00          H
 
ATOM      6 HH33 ACE A  1      32.250  23.650  12.770  1.00  0.00          H
 
+
</source>
 
Loaded and exported with retain_order set to 1
 
Loaded and exported with retain_order set to 1
 
+
<source>
 
ATOM      1  CH3 ACE A  1      33.160  24.100  12.400  1.00  0.00          C
 
ATOM      1  CH3 ACE A  1      33.160  24.100  12.400  1.00  0.00          C
 
ATOM      2 HH31 ACE A  1      32.860  24.830  11.650  1.00  0.00          H
 
ATOM      2 HH31 ACE A  1      32.860  24.830  11.650  1.00  0.00          H
Line 38: Line 40:
 
ATOM      5  C  ACE A  1      33.910  24.800  13.510  1.00  0.00          C
 
ATOM      5  C  ACE A  1      33.910  24.800  13.510  1.00  0.00          C
 
ATOM      6  O  ACE A  1      33.760  24.560  14.700  1.00  0.00          O
 
ATOM      6  O  ACE A  1      33.760  24.560  14.700  1.00  0.00          O
 
+
</source>
  
 
[[Category:Settings|Retain Order]]
 
[[Category:Settings|Retain Order]]

Revision as of 22:46, 24 April 2008

Overview

set reflect controls the amount of light reflection and the effect directional light therefore has on shadows and the general lighting of the scene.

Syntax

set retain_order,[0,1]
set retain_order #default 1

Example

Original PDB:

ATOM      1  CH3 ACE A   1      33.160  24.100  12.400  1.00  0.00
ATOM      2 HH31 ACE A   1      32.860  24.830  11.650  1.00  0.00
ATOM      3 HH32 ACE A   1      33.800  23.390  11.880  1.00  0.00
ATOM      4 HH33 ACE A   1      32.250  23.650  12.770  1.00  0.00
ATOM      5  C   ACE A   1      33.910  24.800  13.510  1.00  0.00
ATOM      6  O   ACE A   1      33.760  24.560  14.700  1.00  0.00

Loaded and exported with retain_order set to 0

ATOM      1  C   ACE A   1      33.910  24.800  13.510  1.00  0.00           C
ATOM      2  O   ACE A   1      33.760  24.560  14.700  1.00  0.00           O
ATOM      3  CH3 ACE A   1      33.160  24.100  12.400  1.00  0.00           C
ATOM      4 HH31 ACE A   1      32.860  24.830  11.650  1.00  0.00           H
ATOM      5 HH32 ACE A   1      33.800  23.390  11.880  1.00  0.00           H
ATOM      6 HH33 ACE A   1      32.250  23.650  12.770  1.00  0.00           H

Loaded and exported with retain_order set to 1

ATOM      1  CH3 ACE A   1      33.160  24.100  12.400  1.00  0.00           C
ATOM      2 HH31 ACE A   1      32.860  24.830  11.650  1.00  0.00           H
ATOM      3 HH32 ACE A   1      33.800  23.390  11.880  1.00  0.00           H
ATOM      4 HH33 ACE A   1      32.250  23.650  12.770  1.00  0.00           H
ATOM      5  C   ACE A   1      33.910  24.800  13.510  1.00  0.00           C
ATOM      6  O   ACE A   1      33.760  24.560  14.700  1.00  0.00           O